Las variedades han contribuido sustancialmente (50-75%) al aumento de los rendimientos cañeros. Su mejora actual está limitada por la estrecha base genética y su bajo aprovechamiento en la selección. Los marcadores moleculares (MM) ofrecen soluciones exitosas con estos fines en numerosos cultivos y se consideran entre las diez tecnologías de mayor impacto del próximo siglo. Su estandarización dentro y entre laboratorios constituye un reto para su aplicación, especialmente en países en desarrollo.

Con la creación del Consorcio Internacional de Biología Molecular de la Caña de Azúcar, el rechazo del ingreso de Cuba y la restricción al acceso público de resultados y materiales, estas investigaciones han tenido que desarrollarse en el país por los autores. El presente trabajo abarca los resultados obtenidos con cuatro tipos de MM (RFLP, AFLP, RAMP y RAPD) en: la caracterización del germoplasma básico de nuestro mejoramiento (clones de fundación, nuevas formas para su ampliación y progenitores comerciales importantes); el desarrollo de métodos novedosos para determinar fondos de diversidad en la caña y su uso en la recomendación de formas; las bases científicas para el uso de MM como descriptores en la caña , por primera vez en Cuba, y sin antecedentes reportados para este cultivo; el desarrollo de las bases genético estadísticas para el mapeo en poliploides (4x-16x) y de software para su realización, no disponibles en el mercado (MATGEN y POLIMAP). Este conjunto de resultados teórico-prácticos permiten elegir más eficientemente la variabilidad genética para obtener nuevas variedades y aplicar esta tecnología de alto factor de impacto, estandarizada en nuestras condiciones para los sistemas de MM internacionalmente más empleados, en la búsqueda de marcadores para la selección en la caña de azúcar y en otros cultivos de interés nacional.